Δραματική μείωση έως και 70% παρουσιάζουν τα ιχθυοαποθέματα του αρχιπελάγους την τελευταία 10ετία, καθώς σύμφωνα με έρευνες του Ινστιτούτου Θαλάσσιας Προστασίας «Αρχιπέλαγος», το Αιγαίο τείνει να μετατραπεί σε «νεκρή θάλασσα».
Τα αίτια γι αυτήν την τραγική κατάσταση είναι κυρίως η υπεραλίευση με τράτες και με παράνομα μέσα, όπως ο δυναμίτης. Σημαντικό ρόλο παίζει ακόμη και η κλιματική αλλαγή, καθώς με την αύξηση της θερμοκρασίας, η θάλασσα έχει γίνει αφιλόξενη και αναγκάζει τους οργανισμούς να κατεβαίνουν σε χαμηλότερα βάθη και να παραχωρούν τη θέση τους σε είδη-ξενιστές (π.χ. λαγοκέφαλος, τοξικό φύκι, καουλέρπα).
Όπως αναφέρει το Real Planet τα ψάρια που τείνουν να εξαφανιστούν είναι ο τόνος, το μπαρμπούνι, ο ξιφίας, το φαγκρί και ο μπακαλιάρος, ενώ μεγαλύτερο κίνδυνο αντιμετωπίζουν τα καλύτερης ποιότητας ψάρια, όπως το λυθρίνι, ο σαργός, το σκαθάρι και η συναγρίδα που έχουν σχεδόν εξαφανιστεί!.
Αυτό είναι έκδηλο άλλωστε καθώς στην αγορά κυκλοφορούν μόνο μικρού μεγέθους ψάρια.
Η καταστροφή της αλιείας, σύμφωνα με τον Δημήτρη Ζαννέ, εκπρόσωπο της Μεσογειακής Πλατφόρμας Παράκτιων Αλιέων, συντελείται κατά μεγάλο ποσοστό από τους ψαράδες της παράκτιας και μέσης αλιείας, λόγω άγνοιας, αδιαφορίας και κακής χρήσης των τεχνολογικών μέσων. Κατά συνέπεια, ο βυθός- λόγω της υπεραλίευσης- μετατρέπεται σε «οργωμένο χωράφι», προκαλώντας ανυπολόγιστη καταστροφή για την βιοποικιλότητα.